在婚姻关系中，当夫妻双方因各种原因无法继续共同生活时，离婚便成为了一个不得不面对的选择。而在离婚过程中，孩子的抚养权问题往往是最为复杂和敏感的部分之一。特别是当男方作为原告提起离婚诉讼时，关于两个孩子的抚养权归属更是需要慎重考虑。本文将从法律角度出发，探讨男方起诉离婚时两个孩子的抚养权如何判决的问题。

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母对子女有抚养教育的义务。在离婚案件中，对于未成年子女的抚养问题，应当从有利于子女身心健康、保障子女合法权益的角度出发，结合父母的抚养能力和抚养条件等具体情况进行判决。同时，法院还会尊重孩子的意愿（如果孩子已经达到一定的年龄并具备相应的判断能力），并考虑双方父母的经济状况、生活环境、教育水平等因素。

二、具体判决因素

1. 孩子的年龄和性别：通常来说，对于年幼的孩子（尤其是哺乳期内的婴儿），法院更倾向于判给母亲抚养；而对于年龄较大的孩子，则会根据双方的实际情况和孩子的意愿来决定。此外，如果两个孩子性别不同且年龄相差较大，法院也可能会考虑将他们分别判给不同的父母抚养。

2. 父母的抚养能力和条件：包括经济收入、居住环境、教育资源、健康状况等方面。法院会综合考虑这些因素来评估哪一方更具备抚养孩子的能力和条件。如果一方明显优于另一方，那么法院很可能会将孩子的抚养权判给这一方。

3. 孩子的意愿：如果孩子已经达到一定的年龄并具备相应的判断能力（通常是8岁以上），法院会征求孩子的意见并尊重其意愿。但需要注意的是，孩子的意愿并不是唯一的决定因素，法院还会结合其他因素来综合判断。

4. 双方父母的过错情况：如果一方存在家庭暴力、虐待、遗弃等严重过错行为，那么法院在判决时可能会倾向于将孩子的抚养权判给无过错方。

三、可能的判决结果

1. 一方抚养两个孩子：如果一方在抚养能力、条件以及对孩子的感情投入等方面明显优于另一方，且没有不利于孩子成长的因素存在，那么法院可能会将两个孩子的抚养权都判给这一方。

2. 双方各抚养一个孩子：这是较为常见的判决结果之一。法院会根据孩子的年龄、性别、性格等因素以及双方的实际情况来做出合理安排。例如，可以将年幼的孩子判给母亲抚养，而将年长的孩子判给父亲抚养；或者根据孩子的性别和性格特点来分配抚养权等。

3. 轮流抚养：在某些特殊情况下（如双方抚养条件相当且都愿意承担抚养责任），法院也可能会判决双方轮流抚养孩子。这种方式可以让孩子在不同的环境中成长并接受双方的教育关爱。

总之，在男方起诉离婚时关于两个孩子的抚养权问题并没有固定的答案或模式可循。法院会根据案件的具体情况和孩子的最佳利益原则来做出公正合理的判决。因此，在面临此类问题时建议双方保持冷静理性的态度并通过协商或法律途径来解决争议以维护自己和孩子的合法权益。